Ninjutsu é qualquer técnica que use manipulação de Chakra para ser realizada, e é a mais tradicional das artes ninja. Geralmente precisam de selos manuais (que moldam o Chakra em formas específicas) e muita concentração para funcionarem com eficiência. Quanto maior for a experiência do Shinobi (Ninja), mais rápida é a velocidade da técnica, e às vezes o uso de selos se torna desnecessário.

Alguns ninjutsus podem ser classificados como ninjutsus elementais, quando usam um elemento específico:

- Doton (Elemento Terra); Ex. Doryuuheki
- Suiton (Elemento Água); Ex. Suijinheki
- Katon (Elemento Fogo); Ex. Goukakyuu no Jutsu
- Fuuton (Elemento Vento); Ex. Fuuton: Rasenshuriken
- Raiton (Elemento Trovão); Ex. Chidori

Além desses, existem combinações de elementos que só podem ser utilizados através de Kekkei Genkai (Linhagem Sangüínea Avançada) ou pelos Bijuu's:

- Mokuton (Madeira); Ex. Moku Bunshin no Jutsu
- Hyouton (Gelo); Ex. Haryuu Muuko
- Youton (Lava); Ex. - Youton no Jutsu;
- Shouton (cristal); Ex. - Shouton no Jutsu;

Fonte: Wikipédia